Le Burundi connaît une grave crise politique. Le troisième mandat du président Pierre Nkurunziza est contesté depuis avril 2015. Son régime, qui s’appuie sur un ancien mouvement de rébellion armée transformé en parti politique, met en place un système violent de répression. Les opposants au régime et les militants des droits humains sont persécutés et emprisonnés. Plusieurs organisations nationales et internationales de défense des droits humains dénoncent un recours systématique à la torture. Une Commission d’enquête sur le Burundi est instaurée par le Conseil des droits de l’homme des Nations unies en 2016. Elle conclut, en septembre 2017, à des violations des droits s’apparentant à des crimes contre l’humanité. Elle s’est aussi inquiétée d’actes et de discours susceptibles d’instaurer un climat de haine et de raviver des tensions ethniques dans le pays.

Les prisonniers sont, en novembre 2017, au nombre de 10 630. Le taux d’occupation s’élève à 253 % pour l’ensemble du pays, avec d’importantes variations selon les établissements (445 % à la prison centrale de Mpimba, à Bujumbura, ou encore 670 % dans la maison d’arrêt de Muramvya). Ces données ne tiennent pas compte des centaines de personnes détenues dans des cachots communaux ou dans les locaux, officiels ou officieux, des divers services sécuritaires (police nationale, service national de renseignement…).

Plusieurs centaines de détenus sont libérés suite à un décret présidentiel du 3 janvier 2017, dont des membres de partis d’opposition détenus depuis 2014. Cette mesure concerne des personnes condamnées définitivement à des peines inférieures ou égales à cinq ans d’emprisonnement, tout en excluant plusieurs infractions liées à la crise politique ouverte depuis 2015. Elle permet un relatif désengorgement des prisons, mais certains des détenus éligibles ne sont pas libérés. Les chiffres des incarcérations repartent à la hausse dès les mois suivants.