El Comité de las Naciones Unidas contra la Tortura manifestó su preocupación en abril de 2016 por la falta de atención médica en las prisiones. Los reclusos pueden consultar un médico pero es imposible tener acceso a un psicólogo.
Debido a varias acusaciones de abuso y corrupción, el Ministerio de Justicia puso fin a un proyecto que pretendía que los reclusos consultaran médicos externos y recibieran tratamientos médicos a sus expensas.

Las enfermedades más comunes en prisión están cólera y tuberculosis. Esta enfermedad, cuyo riesgo de contagio es de cuatro a cinco veces mayor en la prisión que al exterior, causa diariamente la muerte a una media de 63 filipinos.
Los problemas de salud son frecuentes y sobrevienen principalmente debido a la falta de agua potable y a las condiciones sanitarias deficientes. La mala ventilación y la sobrepoblación también favorecen los riesgos de contraer enfermedades; muchos de los fallecimientos son causados por enfermedades pulmonares¹.

En el marco de un programa del Comité Internacional de la Cruz Roja La Cruz Roja que pretende acabar con la tuberculosis en todo el mundo de aquí al 2035, la CICR realizó un programa masivo de detección de tuberculosis en todo el país, que tuvo lugar de marzo a mayo de 2016. Cerca de 5700 reclusos de la prisión de Bilibid beneficiaron de este programa; las personas infectadas fueron trasladadas al hospital.