Los prisioneros benineses se enfrentan a la superpoblación, a la falta de acceso a agua y alimentos y a la falta de personal capacitado. La tasa de ocupación de las prisiones en julio de 2016 fue del 204%. Las celdas colectivas de la prisión están superpobladas y la zona donde duermen los prisioneros está sujeta a estrictas reglas entre ellos. El espacio asignado para cada prisionero depende de su antigüedad. La mayoría de los prisioneros duermen en el suelo, con la cabeza frente a los pies del compañero y sin poder moverse. Esta promiscuidad favorece la propagación de enfermedades que se desarrollan rápidamente debido a la falta de higiene. Una de las razones de esta superpoblación se debe a la cantidad particularmente alta de acusados que esperan juicio frente al número de prisioneros condenados.

En 2011, el ex presidente Yayi Boni manifestó su voluntad de reducir la superpoblación de las cárceles y humanizar las condiciones de los detenidos. El primer paso del Presidente fue comenzar la construcción de un total de diez nuevas prisiones. También se planteó el incremento de medidas alternativas al encarcelamiento, pero aún no se ha llevado a cabo. La deriva autoritaria de la metodología del Presidente termina afectando al Sector de Justicia y la política reformista en materia penal y penitenciaria.

El Subcomité para la Prevención de la Tortura SPT, subraya que en 2016 el principal problema es esa superpoblación y la falta de capacidad suficiente del personal, pero reconoce que se han observado algunos progresos desde su última visita en 2008. La adopción de un nuevo Código de Procedimiento Penal en 2012 obliga a que el presunto culpable sea puesto a disposición judicial dentro de las 48 horas siguientes a su detención. Esto ha supuesto mejores condiciones en el tratamiento de los detenidos. Al término de su visita el SPT recomienda, de conformidad con el Protocolo Facultativo de la Convención de la ONU contra la Tortura ratificado en 2006, que ese país adopte un mecanismo nacional de prevención.