Existen dos tipos de alojamiento disponibles para los internos: las celdas individuales y las celdas compartidas. Cada celda dispone de una o varias mesas, un pequeño escritorio para el estudio y de materiales de limpieza.
Las denuncias por enfermedades provocadas por el frío son frecuentes. En las cárceles japonesas, rara vez se enciende la calefacción y nunca se utiliza el aire acondicionado. En algunas instituciones la ropa y las sábanas no bastan para proteger del frío a los internos.

La rutina díaria de un interno:

• Comienza con el llamado de lista a las 6:45 de la mañana, seguido del desayuno.
• Después del desayuno, los reclusos penados se ponen sus ropas de trabajo y se dirigen desde sus celdas a los talleres de la cárcel. En ese momento, se realiza una inspección corporal para verificar el estado de salud de los internos y asegurarse de que no se haya producido ningún contrabando. Después de acceder a los talleres, los internos hacen algo de ejercicio físico y se les comunican sus tareas para ese día.
• Desde las seis de la tarde hasta las nueve de la noche, los internos disponen de tiempo libre para dormir, relajarse, ver la televisión, escuchar la radio, escribir cartas, etc. Solo tienen permitido hablar a determinadas horas del día: por lo general, durante un breve periodo antes de que se apaguen las luces, en el tiempo dedicado al ejercicio y en los descansos. Carteles en los talleres y en los baños recuerdan a los internos que, con el fin de mantener la disciplina, está prohibido hablar mientras estén trabajando, comiendo o duchándose. Hablar fuera de momentos predefinidos conlleva un castigo. Además, los internos deben pedir permiso para usar los aseos.

Los cigarrillos estás prohibidos en las instituciones penitenciarias japonesas.

Hay tres comidas al día y están racionadas de manera estricta en función de los estándares carcelarios de calorías. Dichos estándares se calculan en función del sexo, del estado de salud, de la altura (pero no el peso) de cada interno y de la naturaleza del trabajo que se le ha asignado en la cárcel.
Estas comidas se consideran insuficientes y son, con frecuencia, la causa de la pérdida de peso de los prisioneros. Por lo general, se trata de arroz acompañado de unos pocos tubérculos y de pequeñas cantidades de pescado o carne. Los extranjeros pueden elegir pan en lugar de arroz.
Los reclusos están encargados de la cocina de la prisión. Solo los preventivos pueden comprar comida a proveedores externos.

La administración penitenciaria evalúa las necesidades médicas caso por caso. Sin embargo, dichas necesidades deben estar autorizadas por el médico del centro penitenciario. Por ejemplo, los internos deben presentar una solicitud para realizar un análisis de alergias si fuese necesario. La mayoría de los centros pueden satisfacer las necesidades alimenticias de musulmanes e hindúes, pero dichas preferencias religiosas han de declararse antes del ingreso en la cárcel. Los internos tienen acceso al agua potable.

Durante el invierno, los internos pueden ducharse dos veces por semana y durante el verano tres. Queda a la discreción de cada institución el acordarles turnos suplementarios. En promedio, para cada ducha los hombres disponen de quince minutos y las mujeres de veinte.
Las instituciones penitenciarias suministran a los internos ropa (uniformes) y sábanas. Sin embargo, los preventivos pueden usar sus propias prendas o ropa de cama. Los penados pueden igualmente utilizar su propia ropa interior y calcetines.

Cada detenido contribuye a la limpieza de las celdas y de las instalaciones. En dichas tareas, las personas de avanzada edad y los discapacitados cuentan con la ayuda de los demás reclusos. El personal de la lavandería está compuesto por los internos.

El departamento médico

Existe un departamento médico en cada institución penal y está, hasta hoy, bajo la responsabilidad del Ministerio de Justicia. Su transferencia hacia el Ministerio de Salud, Trabajo y Asuntos Sociales aún no se ha producido (véase también el Mecanismo Nacional de Prevención). Por esta razón los servicios médicos no son independientes.

Los exámenes médicos

La ley relativa a las instalaciones penitenciarias y de detención prevé que los exámenes médicos se hagan a razón de dos veces por mes y que, si los reclusos presentan heridas o están enfermos, se les procure la atención médica necesaria sufragada con fondos públicos.
Algunas instituciones carecen de médicos a tiempo completo. En esos centros, los auxiliares de enfermería (guardias penitenciarios que han adquirido su formación dentro de las instalaciones médicas del centro) deben juzgar la necesidad y la urgencia de una atención médica adicional o de un examen médico. Como resultado de esta situación, las necesidades de seguridad tienen la prioridad sobre las necesidades médicas, lo que provoca retrasos en la atención médica, el empeoramiento de los síntomas e incluso la muerte en los casos más extremos.
Es frecuente que la atención dental sea mínima y el acceso a tratamientos paliativos escaso.
La confidencialidad entre médico y paciente no está garantizada, ya que los guardias están presentes durante los exámenes médicos.

Los internos pueden realizar hasta media hora de ejercicio físico al aire libre todos los días, salvo los fines de semana. Cada centro que albergue a internos penados dispone de alrededor un día al año dedicado al deporte. Todos los centros poseen una librería en la que los internos pueden elegir libros.
Un número limitado de condenados tiene permitido asistir a las actividades propuestas por distintos clubes, por lo general organizadas por las autoridades del centro. En algunos centros, participantes externos como poetas o cuentacuentos profesionales, organizan programas para los penados. Ciertas organizaciones del exterior, como el Centro para la Rehabilitación de la Toxicomanía (DARC, por sus siglas en inglés), ofrecen programas para los condenados con problemas específicos.

Según la administración, a los internos se les brinda una orientación especial para que asuman la responsabilidad de sus delitos y adquieran el conocimiento y el estilo de vida necesario para adaptarse a la vida en sociedad. Este tipo de asesoramiento no solo pretende ayudar a los internos a que superen su adicción a las drogas y abandonen los grupos de crimen organizado, sino que también busca prevenir la reincidencia de los delincuentes sexuales, educarlos desde el punto de vista de la víctima y orientarlos para encontrar trabajo.

Más del 90% de la población carcelaria japonesa trabaja, ya sea en el mantenimiento de la cárcel o como contratistas para empresas privadas. Tras la evaluación de las habilidades de los reclusos, se les asigna a una fábrica: puede tratarse desde una fábrica de marroquinería hasta una de juguetes, de componentes eléctricos o de otro tipo.

Por lo general los internos trabajan ocho horas al día a partir de las ocho de la mañana y de lunes a viernes. Disponen de tres descansos, incluido uno para el almuerzo. Por el trabajo realizado, los reclusos reciben una gratificación a modo de incentivo. No obstante, la paga es muy baja: reciben una remuneración mensual media de 5 000 yenes, o sea 32 euros. Existen días de estudio regulares durante los cuales los internos no trabajan en las fábricas.

La elegibilidad de los internos para su escolarización o para su formación profesional se evalúa de manera estricta. Según la administración, el trabajo carcelario que se les impone a los condenados está organizado de manera tal a que mejore su reintegración en la sociedad, aportándoles no solo un conocimiento vocacional y habilidades, sino también la salud física y mental y el deseo de trabajar.

La institución penitenciaria puede ayudarles con cursos escolares de enseñanza básica, media y superior. Algunas prisiones de menores han creado cursos por correspondencia de enseñanza media con la ayuda de los centros escolares de su zona. Aun así, es muy frecuente que los reclusos que necesitan formación no tengan la oportunidad de asistir a dichos cursos.

Por lo general, los penados pueden ver la televisión durante un periodo de tiempo limitado pero no pueden elegir el canal. Los internos en el corredor de la muerte solo tienen un acceso limitado a programas pregrabados.

Cada recluso dispone de 15 minutos al día para leer el periódico. Unas cuantas prisiones ofrecen programas de radio dedicados a los internos. Algunas cárceles publican revistas literarias editadas por los propios reclusos.

La ley tiene en cuenta la diversidad de las prácticas religiosas dentro de las cárceles, siempre y cuando dichas actividades no interfieran con la gestión de la cárcel. Algunos reclusos se quejan de que los ritos religiosos no están permitidos. Es frecuente que la cárcel disponga de una o más salas para usos religiosos. Estos espacios los utilizan a menudo los capellanes visitantes para dar sus sermones.

Se le permite el acceso a los centros a un número cada vez mayor de participantes externos que se implican en la realización de diversas actividades. A pesar de esto, su número sigue siendo muy limitado.

Los internos que trabajan reciben un incentivo económico a modo de remuneración (la paga media es de menos de 5 000 yenes, o sea 32 euros). Los reclusos pueden gastar una parte de dicha remuneración en la compra de productos que venden los proveedores preseleccionados. La cantidad restante se les entregará al momento de su excarcelación.

La remuneración puede serles reducida como medio de castigo. Los internos que no pueden trabajar porque están enfermos, sufren de algún tipo de trastorno o por alguna otra razón (como castigos continuados), no reciben remuneración alguna.

Las leyes japonesas ofrecen tres vías a los reclusos condenados para que expresen sus inquietudes en cuanto al trato que reciben en la cárcel:

• Un procedimiento llamado "revisión de queja" o shinsa no shinsei, en japonés. Se trata de quejas que se trasmiten al superintendente regional de prisiones con respecto a la implementación de ciertas reglas (como puede ser un castigo o la denegación de tratamiento médico) treinta días después de cualquier incidente.
• Un procedimiento llamado "informe de casos" o jijitsu o shinkoku, en japonés. Se trata de una queja dirigida al superintendente regional de prisiones en caso de que un recluso considere que se le ha agredido o que se le han impuesto restricciones infundadas treinta días después de cualquier incidente.
• La tercera vía para expresar sus preocupaciones consiste en la "redacción de una queja" o kujo no shinshutsu, en japonés. Dicho documento puede ir dirigido a la atención del director de la institución, de un auditor que lleve a cabo una inspección in situ, o del Ministro de Justicia.

Si el interno no queda satisfecho con el resultado de ninguno de estos dos procedimientos puede apelar ante el Ministerio de Justicia. Para comunicar sus inquietudes por alguna de las tres vías, el interno debe pedir a un guardia el formulario correspondiente.
Pese a que las autoridades permiten a los penados y a los preventivos enviar sus quejas sin censura y solicitar investigaciones sobre las malas condiciones, las respuestas que reciben, más allá de la decisión final, son a menudo parcas en detalles.

El último movimiento colectivo se llevó a cabo en 2007 en la cárcel de Tokushima cuando algunos presos organizaron una revuelta debido a los malos tratos dispensados por el médico de la prisión.

Un sistema de castigos y recompensas

Las cárceles japonesas funcionan con un sistema de castigos y recompensas cuyo objetivo es animar a los reclusos a que se reformen y se rehabiliten.
A estos internos se les asigna un nivel de restricción o rango que va desde el nivel 1 – pocas restricciones y la mayoría de los privilegios – hasta el nivel 4 – la mayoría de las restricciones y pocos privilegios – y las instalaciones y el trato que reciben varían en función del nivel. El buen comportamiento, el rendimiento en el trabajo y la duración del tiempo ya cumplido pueden conducir a un aumento del rango. Los privilegios dependen del rango e incluyen el número de visitas que cada preso puede recibir.

Las formas de castigos

Los castigos toman muchas formas; la más común es la privación de privilegios, como el tiempo libre, el acceso a la televisión o la pérdida de tareas adicionales que hayan solicitado. Los castigos más severos incluyen sentarse sobre las rodillas en el suelo frente a un muro durante horas e incluso días. Aun así los reclusos vuelven a sus celdas por la noche. Durante el castigo, la posición en la que están sentados se vuelve dolorosa y el aislamiento es complicado. Las pausas para ir al aseo están permitidas pero quedan a discreción de los guardias.
La administración emplea con frecuencia la reclusión en aislamiento. El periodo máximo de tres meses puede prolongarse si cada mes adicional se considera necesario. A algunos presos en el corredor de la muerte se los mantiene en reclusión en aislamiento durante décadas, aunque se les permite recibir visitas de familiares, abogados y demás personas.

Los procedimientos de castigo

Se dice que los procedimientos de castigo carecen de transparencia y de justicia. Estos pueden ser difíciles de entender, especialmente para los reclusos extranjeros y para aquellos con discapacidades mentales.

A pesar de que los guardias tienen permitido el uso de armas pequeñas y ligeras como pistolas o revólveres, no suelen llevarlas con ellos.